캐론별에서 퍼렁별 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대인 케로로소대를 파견한다.
그러나 원인 모를 사고로 인해 케로로 소대원들은 퍼렁별에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다.
흩어진 소대원들을 되찾고, 그들과 함께 퍼렁별을 정복할 수 있을까~?